《招标投标法实施条例》第57条第1款规定:“招标人和中标人应当依照招标投标法和本条例的规定签订书面合同，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。”从《招标投标法实施条例》第57条第1款规定的法律条文内容可知，实质性内容应当是指合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（下文简称《建设工程司法解释（一）》）第2条第1款规定：招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。第2款规定：招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民法院应予支持。从该条文第1款可以得知，实质性内容包括工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等。第2款则是对工程价款的变更作出了更详细的规定，防止通过其他方式变相降低工程价款。

现行的法律法规及司法解释中对于实质性变更已经有了较为明确的规定，但在实务中，由于“黑白合同”这一现象的普遍存在，合同内容的变更方式也是种类繁多。因此，如何判定是否属于实质性变更，不仅要站在法律条文的基础上，更要结合实践中的相关判例。

在该案例中，一审法院认为“工程款和付款进度及标准均与备案合同均发生了变更。备案合同总价款为340万元，而双方另行签订的合同变更增加后合同工程总价款为417万余元，且支付工程的进度与备案合同相差较大。同时，因补充协议的签订，对涉案工程的工程量和工期也发生了变更。根据《招标投标法》第四十六条规定，招标人和中标人应当按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，并不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。据此，原、被告签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》违反了法律法规的强制性规定而无效。”

二审法院认为“中医药研究院与海东蓝涛公司签订的涉案《建设工程施工合同》及《补充协议》因约定的工程价款和付款进度及标准与上述《政府采购合同》均发生了实质性变更，且《建设工程施工合同》及《补充协议》亦未重新组织招标投标程序，一审法院据此认定双方签订的《建设工程施工合同》及《补充协议》因违反了法律、行政法规的效力性强制性规定而无效，于法有据，本院对此予以确认。”

在该案例中，合同价款由340万元变更为417万元，同时付款进度及标准发生了重大变更，最终法院认定属于合同实质性内容的变更，导致合同无效。

一审中，各方均未对案涉《总包补充协议》的效力提出异议，因此，一审未将此作为争议焦点问题。二审中，南通二建主张《总包补充协议》无效，置业公司应当按照中标的《建设工程施工合同》约定向其支付工程预付款和进度款的逾期付款违约金。对此，本院认为，《总包补充协议》与中标的《建设工程施工合同》相比，工程款支付方式由预付款加进度付款改为承包人全垫资施工。而款项支付方式系工程价款的重要内容，因此，应认定《总包补充协议》构成对中标合同的实质性变更，根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条的规定，该协议无效，对双方当事人不具有法律约束力。

类似案例还有（2018）最高法民终69号，在本案中，一审法院认定事实如下：弘扬公司与金沙县教育局根据招标文件和中标人的投标文件签订了《投资施工合同》之后，又于2012年12月25日签订《补充协议》，将“工程回购款支付方式”由BT模式修改为“按乙方施工进度付款”。一审法院认为，BT模式即通过项目公司进行总承包，融资、建设后移交给业主，业主向投资方支付项目总投资加合理回报的过程。BT模式的核心内容之一就在于承包人负有融资义务。《补充协议》已将BT协议的核心内容进行了修改，属于《中华人民共和国招标投标法》规定的“招标人和中标人再行订立的背离合同实质性内容的其他协议”的情形。二审法院对此予以确认。

从上述案例中可知，工程款的支付方式如果发生重大变更，同样会被认定为构成对中标合同的实质性变更。

本案中，双方根据招投标文件于2009年8月24日就5#、6#楼工程签订《建设工程施工合同》并向建设主管部门备案后，分别就5#、6#楼工程又签订了两份《建设工程施工合同补充协议书》，该两份补充协议约定的工程价款计价标准、合同工期、违约责任等内容与备案《建设工程施工合同》的约定不一致，系对备案中标合同实质性内容的变更，违反了前述强制性规定，二审判决认定两份补充协议中实质性条款变更的内容无效，适用法律正确。《中华人民共和国合同法》第三十条规定，有关合同标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和解决争议方法等的变更，是对要约内容的实质性变更。宇华公司主张违约条款并非法定的实质性条款，即使与招标文件不一致也属有效，缺乏法律依据。

在该案例中最高院将违约责任、解决争议的方法也认定为属于实质性变更。

本案中，发包人与承包人根据案涉工程施工情况发生的变化先后签订了一系列补充协议、补充合同，如2014年6月30日的《补充协议书》系双方对停窝工等损失及后续施工事宜达成协议，补充合同二至补充合同八及《星海湾和谐天下一区、二区工程结算协议》系双方对新增加的户型改造工程、已完工工程内容和结算价款、未施工部分工程造价的确定方式、工期、工程款支付、违约责任、竣工、工程结算等具体事宜作出进一步补充约定，上述约定均是双方在施工合同履行的过程中因客观情况发生变化所作的真实意思表示，未对招标投标时其他竞标人能否中标或以何种条件中标产生影响。上述协议的签订未违背招标投标制度，导致发包人与承包人之间的权利义务失衡，并不构成对《建设工程施工合同》的实质性变更。二审判决认定上述补充协议、补充合同系因工程施工变化和实际需要作出，属于案涉建设工程施工合同的组成文件，并无不当。惠元公司主张补充合同对《建设工程施工合同》实质性内容作出变更，与《建设工程施工合同》系“黑白合同”关系，不能成立，本院不予支持。

在该案例中，虽然后续签订的补充协议对工期、支付方式、违约责任条款进行了变更，但法院并未认定为实质性变更。

上述案例中被认定为实质性变更的，并非法律条文直接规定的内容，其中前三个案例中法院认定为实质性变更的理由包括付款进度、付款标准、支付方式、违约责任、解决争议的方法。第四个案例中对上述内容也有变更，但并未认定为实质性变更。由此可见，并非合同内容发生变更都应认为为实质性变更。事实上，从法律条文来看，有些内容并未明确体现，但其实质上也属于实质性变更的范畴，或是虽然在法律条文中规定其属于实质性变更的范畴，但其合理的更改也不会被法院认定为实质性变更。司法实践中，对背离合同实质性内容的范围和程度进行认定时法官的自由裁量权也极为重要。

从工程质量的角度来看，如果中标合同签订后，发包人要求提高工程质量标准或者安全施工要求等，必然会相应增加工程价款，同理发包人要求降低工程质量标准也会相应降低工程价款，此时对合同价款进行变更而签订的补充合同，应属于有效合同。但如果在工程质量标准未作调整或者微调时，而发包人要求承包人大幅降低工程价款，则双方对合同价款进行变更而签订的补充合同，很可能会被认定为实质性变更而导致合同无效。同理，对于工期快慢的调整，工程款支付方式的变更，违约责任条款的变化等亦是如此。

因此，对于实质性变更的认定，第一，要看变更内容是否属于法律规定的实质性变更的范围，主要包括合同的标的、价款、质量、履行期限、工程范围、建设工期、付款方式、付款期限。第二，当变更内容属于法律规定的实质性变更时，也要考虑变更的幅度，是正常变更还是实质性变更，而对幅度大小的考量和认定，则属于法官自由裁量范畴。当变更内容在法律中并无明确规定时，同样也要考虑该变更内容是否会导致双方的权利义务发生重大变化导致权利义务不对等，例如上文中的付款期限、付款方式、违约责任等条款。在司法实践中，正如上述案例，在中标合同有效的前提下，法官自由裁量的标准一般是衡量双方权利义务关系变化的大小，倘若合同内容变更导致双方利益严重失衡的一般会被认定为实质性变更。