创业投资引导基金是通过扶持创业投资企业发展，引导社会资金进入创业投资领域，由政府设立并按市场化模式运作的政策性基金。目前，创业投资基金采取的法律组织形式主要为有限责任公司和有限合伙这两种形态。不同的组织形态中存在的法律风险各有不同。目前，有限合伙是采用较多的组织形式。

有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。创业投资有限合伙企业中引导基金法人作为有限合伙人，其需要对其他创业投资公司作为普通合伙人执行合伙企业事务的行为进行监督。此外，在有限合伙企业成立过程中，引导基金法人和其他的创业投资公司也需要就合伙企业的成立订立相应的合伙协议，以明确当事人之间的权利义务关系，推动合伙企业的顺利成立。这些环节分别需要相应的事前协议来实现风险的防控：一是引导基金法人与其他创业投资公司就创业投资有限合伙企业设立的协议。二是引导基金法人作为有限合伙人与其他创业投资公司作为普通合伙人就合伙事务执行所订立的委托协议。

鉴于《合伙企业法》对于这两种类型的协议都做了详细的法律规定，此种引导支持方式法律风险相对较低，而且创业投资有限合伙企业设立由比较方便，比较适合对中小型科技企业进行创业投资引导。相关的法律风险也大都可以通过合伙企业设立协议和合伙事务委托协议及《合伙企业法》的相关规定来事先化解或者事后解决。

从目前全国各地关于创业投资子基金设立的方式来看，苏州及重庆等省基本采用了有限合伙这一模式，其中关于税收方面的法律风险值得单独予以说明。

根据我国企业所得税法的规定，公司需缴纳公司所得税（企业所得税），而税后利润在股东取得股息之后还要缴纳所得税，此即为双重甚至多重征税模式。但在合伙制企业形态之下，合伙企业并非纳税主体，无需缴纳企业所得税，利润直接归属给合伙人，由合伙人直接缴纳个人所得税，即避免了重复征税的问题。

从目前来看，政府创业投资引导基金采取的是有限责任的法人形态，因此如果子基金采用合伙形态，则对于有限合伙人而言并非自然人，而是法人合伙人。目标企业获得并分配的盈利，按照《企业所得税法》第2条的规定，在合伙制的子基金方面不会产生企业所得税问题，但就该部分分配取得的利润，将按比例直接归属于政府引导基金，并在当年度由引导基金缴纳25%的企业所得税，无论该笔利润是否由子基金实际在该年度进行了分配。该部分利润对政府引导基金而言，构成一般所得，而非类似于股息、红利的投资性收益，无权享受任何股息、利息的税收减免。但政府引导基金作为有限合伙人，并不直接参与合伙企业的经营，该部分收益为消极投资所得，是否完全否定其享受投资性收益的待遇仍应予以进一步的关注。

值得注意的是，合伙制的子基金无权享受《企业所得税法》第31条所规定的创业投资额抵免的税收优惠。但根据财政部、国家税务总局在2012年8月1日颁布的《关于苏州工业园区有限合伙制创业投资企业法人合伙人企业所得税试点政策的通知》（财税〔2012〕67号）的规定，注册在苏州工业园区的有限合伙制创业投资企业的创业投资如符合《企业所得税法》实施条例第97条的规定，则可由其法人合伙人享受此创业投资额抵免的税收优惠。但该规定目前仅限于苏州工业园区适用，是否将扩展至全国范围内适用，仍有待于国家相关立法的进一步规范。